林依晨与老公林于超2014年结婚，两人婚后幸福美满。日前她透露，5岁时爸爸就离开家，在读高二时，分居10年的父母正式签字离婚。虽然如此，她长大懂事后，私下曾偷偷主动和父亲见面，这才把心结解开，虽然妈妈起初会介意，但她没因此和爸爸断交，花费多年时间鼓励妈妈放下，她说：「因为我相信人到最后都得面对她自己搁着不去处理的东西。」
林依晨多年前曾提到，自己大学毕业时，爸爸也参加了毕业典礼，但彼此互动不多，直到2008年，林依晨看了德国艺术片《当樱花盛开》后，对亲情有更深一层领悟，便主动联繫父亲。两人相约骑脚踏车，在过程中靠着聊天、吃饭、看风景，重新认识对方，她还找爸爸喝咖啡，父女把话说开之后，双方才都鬆一口气。她坦言刚开始不敢告诉妈妈，「后来跟妈妈说了，她一开始感觉不舒服。」不过妈妈没有反对，只是并不参与，后来因爷爷过世，妈妈出席告别式，与爸爸关係才破冰。
日前林依晨接受访问时，再重提起旧事，她表示，如今爸妈相处融洽，甚至可以一起吃饭。至于是否会鼓励父母复合？她则表示，当初爸妈就是知道彼此不适合，才会选择分开，只要不形同陌路就好，「不用勉强，才觉得这个课题是圆满。」
林依晨也分享对于孝顺的看法：「我相信绝大多数父母都爱自己的孩子，大家不要觉得给父母物质和时间是『给』，其实自己都会再得到。」她强调，所谓的「都会再得到」，指的并非是好的回报，而是在跟父母良性互动当下，自己也会得到许多启发，「被安抚、被疗癒，这是双向交换的过程，会让自己更好。」
